「なぜ自分たちの病院は毎年赤字なのか」——そう感じている自治体病院の経営者は少なくないでしょう。四病院団体協議会の2024年度調査によると、全病院の**医業赤字率は74.6%・経常赤字率は65.6%**に達しており、なかでも都道府県や市区町村が設置・運営する「自治体病院」は特に赤字になりやすい構造を抱えています。
帝国データバンクの2025年調査では、医療機関の倒産は66件・休廃業解散は823件と2年連続で過去最多を更新しました。民間病院が経営判断で不採算事業から撤退していく中で、自治体病院には「地域医療の最後の砦」としての役割が集中しています。
自治体病院が赤字になる理由は、経営努力の不足だけではありません。診療報酬制度の特性、公務員的な人件費構造、行政から課される不採算部門の維持義務、病床利用率の低迷、そして繰入金への過度な依存——これらが複雑に絡み合い、構造的な赤字を生み出しています。
本記事では、自治体病院が慢性的に赤字になりやすい6つの構造的理由を整理し、それぞれに対する実務的な改善の方向性を示します。
1. 自治体病院とは何か — 定義と規模
自治体病院とは、都道府県・市区町村・一部事務組合などの地方公共団体が設置・運営する病院の総称です。国立病院機構（NHO）や日本赤十字社などの「公的病院」とは区別され、地方公営企業法または地方自治法に基づいて運営されます。
厚生労働省の医療施設調査（2024年）によれば、全国の病院数は約8,100施設あり、そのうち都道府県立・市町村立などの自治体病院は1,000施設を超えています。病床規模は大きく、200床以上の中規模病院が中心で、地方の医療体制を支える中核的な存在です。
| 設置主体 |
特徴 |
経営形態 |
| 自治体病院（市町村立・都道府県立） |
行政が設置・運営、公務員的雇用 |
地方公営企業法 |
| 公的病院（日赤・済生会等） |
公益団体が運営、中間的位置づけ |
医療法人に近い |
| 民間病院（医療法人等） |
民間が設置・運営、経営の自由度高 |
医療法人等 |
自治体病院が「公立病院」の一種であることは広く知られていますが、「公立病院＝自治体病院」という理解は厳密ではありません。国が設置・運営に関与する国立大学病院や国立病院機構の施設は「国立」であり、自治体病院は「地方公共団体が直接運営する病院」を指します。この違いは、経営改善を考える際に重要です。なぜなら、制度的な制約の中身が微妙に異なり、改善アプローチも変わってくるからです。
自治体病院の財務上の特徴として、一般企業の「利益」に相当する概念が「医業利益」と「経常利益」に分かれています。医業利益は診療報酬収入から医業費用を差し引いたもので、経常利益はそこに補助金・負担金・繰入金などの非医業収入を加算して算出します。赤字の深刻度を評価する際には、この「医業赤字率」と「経常赤字率」の両方を確認することが重要です。四病協の2024年度調査では医業赤字率74.6%に対して経常赤字率65.6%であり、約9ポイントの差は「補助金・繰入金で穴埋めしている部分」を意味します。自治体病院ではこの差がさらに大きくなる傾向があります。
2. 構造的理由①：診療報酬制度のコスト回収ギャップ
第一の理由は、診療報酬制度そのものが民間病院の平均的なコスト構造を前提として設計されており、自治体病院の実態に合っていないという点です。
医療サービスの対価は診療報酬によって全国一律に決まります。令和8年度改定では、本体部分が約30年ぶりに+3.09%という大幅増となり、急性期一般入院料1は1,688点から1,874点に引き上げられました。物価対応料の新設（急性期一般1で58点/日）や看護・多職種協働加算の新設（加算1で277点）など、自治体病院にとって有利な改定項目も含まれています。
しかし、改定率がプラスになっても自治体病院の赤字が解消されるとは限りません。診療報酬は「平均的な患者」を想定して設計されているのに対し、自治体病院は救急・周産期・精神科など重症患者の比率が高い機能を担うため、患者1人当たりのコストが相対的に高くなります。いわば、高コスト患者が多いほど診療報酬との乖離が広がる構造です。
さらに、診療報酬の加算算定では「人員配置基準」の充足が条件となっていることが多く、要件を満たすためには一定以上の人員を常時配置し続ける必要があります。公務員的な身分保障がある自治体病院では柔軟な人員調整が難しく、高い人件費コストを抱えたまま加算要件を維持しなければなりません。この点も、収支悪化の一因となっています。
診療報酬改定は「プラス改定」だからといって自治体病院の赤字が自動的に解消されるわけではありません。改定の恩恵を最大化するためには、令和8年度に新設・拡充された加算をもれなく算定できる体制を整えることが先決です。GemMedの解説（2026年度改定答申）なども活用しながら、算定漏れがないかを定期的にチェックすることが有効です。
3. 構造的理由②：公務員型人件費の重さ
第二の理由は、人件費の構造的な高さです。病院コストの5〜6割は人件費であり、自治体病院の場合はとりわけこの比率が高くなります。
自治体病院の多くでは職員が地方公務員または準公務員に準じる処遇を受けています。号俸制による定期昇給・共済組合負担金・高水準の退職金など、民間病院では見られないコスト項目が積み重なります。同規模・同機能の民間病院と比較して人件費率が5〜10ポイント程度高くなるケースも珍しくありません。
令和8年度改定では「入院ベースアップ評価料」が最大250点まで拡充されました。民間病院にとっては賃上げ原資を診療報酬から回収しやすくなる改定ですが、自治体病院ではすでに給与水準が高い場合も多く、さらに賃上げを重ねると財政圧力が増す矛盾が生じます。
加えて、「人員削減が難しい」という特性も経営を硬直化させます。民間病院なら不採算部門を縮小する際に人員配置を見直すことができますが、自治体病院では部署間の配置転換はできても実質的な解雇は困難です。これにより、事業縮小に見合った固定費の圧縮が進まない状態が続きます。人件費率の高さを放置したまま収益向上だけを目指しても、根本的な改善にはつながりません。
なお、自治体病院の人件費問題は「高すぎる給与」だけが原因ではありません。医師不足・看護師の夜勤手当・専門職の確保コストなど、医療の質を維持するための必要コストも含まれています。そのため、単純な給与カットは離職率の上昇を招き、かえって医業収益を悪化させるリスクがあります。人件費の圧縮と職員の処遇改善を両立させるためには、業務プロセスの効率化・夜間当直の体制見直し・タスクシフト推進など多角的なアプローチが必要です。令和8年度改定で新設された「看護・多職種協働加算」（加算1で277点/日）はタスクシフトを推進する病院を診療報酬で評価するものであり、積極的に活用を検討すべき施策のひとつです。
4. 構造的理由③④：不採算部門の維持義務と政策的機能
第三・第四の理由は相互に関連しています。行政から課される「不採算部門の維持」と「政策的機能の担当」が採算を悪化させるという問題です。
自治体病院は地域の医療水準を確保するため、採算が取れなくても小児科・産婦人科・精神科・2次3次救急など、「必要だが民間では採算が取れない」診療科を維持するよう行政から求められることがあります。これらは「不採算部門」とされ、赤字の原因となりやすい領域です。
帝国データバンクの2025年調査によれば、医療機関の倒産は66件・休廃業解散は823件と2年連続過去最多を更新しており、民間病院が不採算部門から撤退する動きが加速しています。しかし自治体病院には地域への責任があり、これらの機能を引き受けざるを得ない状況が続いています。
政策的機能とは、感染症指定医療機関・災害拠点病院・周産期母子医療センター・へき地医療拠点病院といった行政指定を受けた機能を指します。これらには国や都道府県からの補助金・交付金が交付されることもありますが、設備投資・24時間対応・専門職員の配置など追加的なコストが発生します。補助金が実際のコストを下回る場合は、指定を維持するほど経営圧力が増すという逆説が生じます。
こうした不採算機能の維持は地域住民・行政双方から求められるものであり、経営者の判断だけで解消できる問題ではありません。一方で、不採算機能の維持に伴うコストを繰入金の算定根拠として明確に示すことは、財政支援の継続・拡充を訴える際の重要な交渉材料になります。不採算機能の「見える化」は経営改善の第一歩です。
具体的には、不採算部門ごとに「収支シミュレーション」を作成し、その部門が存在することで生じる赤字額と、地域医療・行政目標への貢献度を数値で示すことが有効です。たとえば「救急対応の維持に年間〇〇万円の赤字が発生しているが、地域の救急搬送受け入れ率は〇%を担っている」という形で示せば、設置者である自治体との繰入金交渉において根拠ある議論ができます。また、民間病院が担えない機能を明確化することで、地域医療連携推進法人の枠組みを活用した役割分担や連携も検討しやすくなります。
5. 構造的理由⑤：病床利用率の低迷
第五の理由は、病床利用率が損益分岐点を下回る状態が続きやすいことです。
厚生労働省の病院報告（2024年）によれば、全病床の病床利用率の全国平均は77.0%（一般病床では73.3%）です。損益分岐点は一般に80%前後とされており、全国平均でも赤字に転落しやすい水準にあります。
自治体病院は大規模であることが多く、病床数が多い分、利用率のわずかな低下が収益に大きく影響します。病院200床・入院単価5万円の場合、病床利用率が1ポイント低下すると年間約3,650万円の減収になります（2床×5万円×365日の試算）。これが5ポイント低下すると1.8億円以上の減収です。
地方の自治体病院では、人口減少・高齢化の影響で入院患者数が構造的に減少しており、利用率の自然回復が見込みにくい状況です。民間病院であれば経営判断で病床を削減して利用率を維持できますが、自治体病院は地域の期待から病床削減がしにくい側面があります。結果として、大きな病床数を抱えたまま低い稼働率で運営し続けるという非効率が生まれやすい構造です。
病床利用率を改善するためのアプローチとして、紹介患者の受け入れ強化・地域の開業医との連携充実・退院支援の迅速化などが有効とされています。急性期病床の一部を地域包括ケア病棟・回復期病床に転換することで、利用率を維持しながら診療報酬上の機能分化加算を獲得するという選択肢も検討に値します。
また、病床利用率の管理には「病棟単位での把握」が不可欠です。病院全体の平均利用率が76%であっても、診療科・病棟ごとに見ると90%超の病棟と50%以下の病棟が混在している場合があります。利用率の低い病棟を特定し、その原因（医師不足・紹介不足・長期在院患者の滞留など）を分析することで、的確な対策が打てます。自治体病院では経営データの分析体制が弱いケースも多く、病棟別・診療科別の損益管理を可能にするシステム整備が収益改善の前提条件となります。福祉医療機構（WAM）の調査レポートでは、経営改善に成功した病院の多くが「データに基づく意思決定」を実践しています。
6. 構造的理由⑥：繰入金依存が改善意欲を弱める
第六の理由は、一般会計からの繰入金（財政支援）への依存体質が、自立的な経営改善のインセンティブを弱めるという問題です。
自治体病院が赤字になった場合、設置主体である市町村・都道府県は一般会計から繰入金を投入することが慣行となっています。令和6年度公立病院の経営に関する調査（全国公的病院調査）でも、大半の自治体病院が繰入金なしでは経営を維持できない実態が浮かび上がっています。
繰入金は地域医療維持のための必要な財政措置ですが、過度の依存は「赤字でも何とかなる」という組織文化を生み出し、経営改善への動機を弱める側面があります。財政が逼迫した自治体では繰入金が削減されるケースもあり、そのタイミングで初めて深刻な経営危機が顕在化するパターンが見られます。
改善に向けた実務的な方向性は段階的に取り組むことが現実的です。**短期（0〜1年）**では、診療報酬の算定漏れ点検・部門別損益の見える化・在院日数の目標設定など即効性の高い施策から着手します。**中期（1〜3年）**では、不採算部門の機能整理・繰入金の算定根拠の整備・地域連携病院との役割分担など構造的な改善に取り組みます。**長期（3〜5年）**では、地域医療連携推進法人の活用・指定管理者制度の検討・民間病院グループとの連携強化など、体制そのものを見直す段階へと移行します。
福祉医療機構（WAM）が公表している病院経営動向調査（WAM短観）は、同規模・同機能の病院との比較に活用できる有用なデータです。自院の指標がどの水準にあるかを客観的に把握することが、具体的な改善策の優先順位づけに役立ちます。
まとめ
自治体病院が赤字になりやすい構造的な理由は6つあります。①診療報酬のコスト回収ギャップ、②公務員型人件費の重さ、③不採算部門の維持義務、④政策的機能の担当、⑤病床利用率の低迷、⑥繰入金への依存体質、です。
これらは個別の問題ではなく相互に連動しており、一つを改善しても他の要因が足を引っ張ることがあります。経営改善の第一歩は「自院の赤字がどの要因から来ているか」を部門別・機能別に定量的に把握することです。原因の特定なしに手を打っても効果は限定的です。
自治体病院の経営は、院内の努力だけで解決できる問題と、設置主体・行政との協議を要する問題が混在しています。外部の専門家（病院経営コンサルタント）や公的支援機関（WAM等）を活用しながら、自院固有の課題を明確にし、段階的な改善計画を実行することが持続可能な経営への道筋となります。
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